Фонд является составной частью инфраструктуры Правительства Калининградской области в части поддержки предпринимательства в Калининградской области.
Фонд «Центр поддержки предпринимательства Калининградской области создан 18 октября 2013 года.
Деятельность Фонда координируется Министерством экономического развития, промышленности и торговли Калининградской области, которое формирует и осуществляет государственную политику по поддержке и развитию малого предпринимательства на территории Калининградской области.